A aprovação da regulamentação da Emenda 29 representou um efetivo avanço para a consolidação do SUS.
Com a decisão, estados e municípios ficarão impedidos de incluir entre as despesas que podem ser computadas no cumprimento do mínimo a ser investido em saúde, gastos com a merenda escolar, pagamento de aposentadorias, proteção ao meio ambiente, dentre outras. Esta  prática fez com que, somente no ano de 2006, a saúde perdesse R$ 6 bilhões de reais de recursos obrigatórios.
A regulamentação estabelece o percentual mínimo das receitas da União, e ratifica os percentuais dos Estados, do Distrito Federal e dos Municípios. Também consagra os critérios de rateio, normas de fiscalização, avaliação e controle das despesas com saúde em todas as esferas, e observa até a possibilidade de os gestores encontrarem mecanismos compensadores, ano a ano, para algum impedimento que eventual dificuldade financeira produza.
É uma norma regulamentadora que fortalece o princípio democrático da participação da comunidade e da transparência quando no artigo 20 obriga os órgãos da saúde da União, Estados e Municípios a divulgarem, com amplitude, inclusive em meios eletrônicos, a prestação de contas periódicas da área para consulta e apreciação dos cidadãos. Estabelece, portanto, um sistema de informação sobre o orçamento público em saúde que obriga o gestor a inserir e atualizar os dados sobre transferências e gastos com caráter declaratório, sob pena de penalidades graves.
A lei aprovada mantém o principio constitucional que promove a distribuição de responsabilidades também no plano da gestão com o incentivo à municipalização, como a criação, funcionamento e manutenção das comissões intergestoras em âmbito nacional, estadual e municipal.  Prevê também a obrigatoriedade de prestação de contas rigorosa com a participação dos conselhos de saúde, da comunidade, do TCU e demais órgãos e ainda obriga os Poderes Legislativo e Executivo a elaborarem planos plurianuais, leis de diretrizes orçamentárias, leis orçamentárias e os planos de aplicação dos fundos de saúde da União, dos Estados, do Distrito Federal e dos Municípios conforme os parâmetros aprovados na lei.
O ponto negativo da decisão da Câmara dos Deputados foi não ter regulamentado, como sugeria o Conselho Nacional de Saúde, a Contribuição Social da Saúde. Os setores conservadores, liderados pelo PSDB e DEM, apoiados na grande mídia, venderam a ideia de que se tratava da reedição da CPMF, omitindo a informação de que a alíquota era de apenas 0,1% sobre as movimentações financeiras e que cidadãos que percebessem menos que R$ 3.080,00 estariam isentos. Outro aspecto importante é que a destinação de todos os valores arrecadados seria destinada exclusivamente para a saúde.
Com a aprovação por 355 votos a 76 do destaque do DEM que retira a definição do valor da alíquota da CSS, a sugestão foi derrotada e o projeto volta ao Senado para nova votação.
O Ministro da Saúde, Alexandre Padilha,  informou que a saúde necessita de mais 45 bilhões, se quisermos que o SUS cumpra a sua finalidade de atendimento universal e integral. Outra ameaça que paira sobre o SUS é o risco de se retirar como obrigação dos estados a parcela dos recursos do Fundeb, o que por si só, retiraria da saúde mais R$ 6 bilhões.
A Deputada Jandira Feghalli (PCdoB-RJ) defendeu a aprovação do projeto de Lei Complementar 48/11 que regulamenta o imposto sobre as grandes fortunas para financiar a saúde. Em sua fala, a deputada comunista informou que mesmo esta decisão não conseguirá cobrir os gastos com o financiamento do SUS.
A tendência universal da despesa com saúde é de crescimento. Fatores diversos contribuem para isto. Aspectos demográficos, envelhecimento da população, aquisição de equipamentos que evoluem tecnologicamente de tempos em tempos, e particularidades brasileiras como doenças típicas do subdesenvolvimento e doenças crônico-degenerativas apontam que os problemas que afligem o SUS permanecerão enquanto novas fontes de financiamento permanentes não forem aprovadas.